学院深耕数学与计算机两大学科，现有数学一级学科、数据智能分析与应用、控制科学与工程（模式识别与智能系统）、电子信息（计算机技术、人工智能）、学科教学（数学）等5个硕士学位点，其中数学一级学科、数据智能分析与应用、控制科学与工程（模式识别与智能系统）为学术学位硕士点，电子信息（计算机技术、人工智能）和学科教学（数学）为专业学位硕士点。硕士生导师中有全国优秀教师、省“双千”计划人选、省赣鄱俊才人才支持计划人选（含原省主要学科学术与技术带头人、省高层次高技能领军人才、省百千万人才工程人选）等各类省级以上高层次人才5人。

数学学科是江西省十五、十一五重点学科，2006年获批基础数学二级学科硕士点，2007年开始招收基础数学二级学科硕士研究生。2010年获批数学一级学科硕士点，2011年开始按数学一级学科招收硕士研究生，现已形成了基础数学、应用数学、计算数学和概率论与数理统计四个二级学科方向。现有专任教师42人，其中硕士生导师17人，教授13人，博士26人。学校图书馆和学院资料室藏有本专业的图书两万多册，购买了Springer、SCIE等数据库，为研究生提供了利用校内网络进行学习的条件和环境。已毕业的研究生就业和升学情况良好，大部分从事大中专以及中小学的教学和科研工作，近年来，年均考博率达20%以上。

数据智能分析与应用为数学一级学科下设的目录外二级学科，它是大数据时代背景下产生的包含数学、计算机科学、信息学、统计学等多学科融合的综合性学科。本学科依托国家级科研平台“国家脐橙工程技术研究中心”以及省级平台“江西省实验教学示范中心（计算机实验中心）”等资源开展与地方地域特点和产业特色相适应的科学研究和人才培养。近几年来，承担国家自然科学基金课题、国家重点科技支撑计划项目、教育部归国留学人员基金等省部级以上科研课题30余项，获得江西省自然科学奖、江西省优秀科技成果奖、江西省优秀教学成果奖等奖项10余项，发表SCI、EI、ISTP 收录或检索的论文100余篇。

控制科学与工程是研究系统与控制的理论、方法、技术及其工程应用的学科，以控制论、系统论、信息论为基础，以各个行业的系统与控制共性问题为动力牵引，研究在一定的目标或指标体系下，如何建立系统的模型，分析系统的特性和行为，以及设计与实现控制与决策系统。本学科于2018年获批一级学科硕士学位授权，下设检测技术与自动化装置、模式识别与智能系统、智能感知与自主控制三个学科方向，依托国家脐橙工程技术研究中心、赣州市章贡区智能制造研究院等基地，与北京华如科技等20多家高科技企业有着紧密的联系。近年来，学科点承担了80余项国家和省部级课题以及一批横向课题。模式识别与智能系统方向主要研究机器学习理论与方法、模糊系统决策、生物信息与数据挖掘、优化与信息计算、多媒体内容分析与理解、智能信息与控制，在机器学习及应用、生物医学大数据挖掘、人体行为数据分析、医学影像、多媒体信息检索与挖掘、赣南脐橙病虫害预测等方面形成了研究特色。

电子信息硕士学位是与电子、计算机、通信、计算机控制、智能仪器仪表等专业领域，以及网络空间安全、人工智能、虚拟现实、大数据与云计算、物联网、生物信息、量子信息等新兴方向紧密关联的专业学位。我校电子信息专业从1998年开始建设，2007年获批光学二级学科硕士学位授权点，2015年获批农业工程硕士专业学位授权点，2019年调整为电子信息硕士专业学位授权点。本专业于2020年开始招生，已建立一支高学历、老中青相结合、生机勃勃富有朝气的学科建设和教学科研队伍。本专业建设有江西省实验教学示范中心（计算机实验中心）、江西省高校电工电子实验教学示范中心、赣南师范大学—美国Intel联合实验室、赣南师范大学—西门子联合实验室、赣南师范大学—美国国家仪器联合实验室、赣南师范大学大数据与人工智能研究中心等科研平台，拥有高性能计算服务器集群、先进的DSP和嵌入式系统开发等计算与实验平台，具有良好的研究和实验条件。与北京华如南京分公司、江西憶源多媒体科技有限公司等多个IT企业建立了良好的合作关系，一批成果得到应用。计算机技术方向主要研究机器学习、大数据技术和网络与多媒体计算；人工智能方向主要研究机器学习理论与算法、粒计算与知识发现和图像识别与处理。

学科教学（数学）2009年获得招生资格，2010年招收第一届全日制学生，2012年起同时招收非全日制学生，2019年停招非全日制学生。学科教学（数学）涵盖数学课程与教材研究、数学课堂教学研究、数学文化研究、数学解题与初等数学研究、数学教育心理学研究（含数学核心素养研究），以及数学教师教育研究等方向。学科教学（数学）师资力量雄厚，有教授4人，副教授6人，讲师2人。具有博士学位8人，硕士学位4人。其中有2人有10年以上中学数学教学经验。另外，有校外合作导师28人，有着丰富的数学教育、教学经验，其中正高级教师2人，江西省特级教师5人，江西省数学学科带头人8人，江西省骨干教师8人。教育硕士就业，主要面向基础教育中学学段数学专任教师。先期毕业的学生，全部顺利就业，或进一步深造后在大学任教。不少已成为中学骨干教师、学科带头人。学科教学（数学）主要培养具有发展潜质的中学数学教师，以及数学教学、教育研究人员。注重理论与实践的结合、注重教育硕士职前与职后一体化发展。